O uso de fertilizantes artificiais na agricultura aumentou especialmente a partir da década de 60, assim como a crescente urbanização aumentou de forma dramática a libertação de nutrientes (poluição) para o mar Báltico. Isto favoreceu a proliferação do fitoplâncton e aumentou a quantidade de peixes (mais fitoplâncton significa mais alimentos para os peixes). Contudo, também agravou os episódios de anóxia nas águas profundas do mar.

Quando a água junto ao fundo do mar se torna anóxica, é libertado ácido sulfídrico do fundo do mar. O ácido sulfídrico é tóxico para a maior parte das formas de vida e foi, provavelmente, a combinação de ácido sulfídrico e a falta de oxigénio que matou as lagostas da Noruega no mar Kattegat, naquela noite de 1986.

As zonas anóxicas do mar Báltico são agora tão extensas que levaram a uma redução do tamanho das potenciais áreas de desova na parte central oriental do Báltico. Isto reduz o sucesso da desova do bacalhau.